O Hospital Bom Pastor de Ijuí oferece a população do município e região, o serviço de reabilitação fisioterapêutica, localizado na estrutura do novo hospital. Os atendimentos ocorrem de segunda a sexta-feira, no turno da tarde, através de consórcios municipais (COMAJA), planos de saúde CABERGS, FUSEX, Cartão Saúde Bom Pastor, tarifa social e particular. O serviço busca oferecer atendimentos fisioterapêuticos nas áreas de: Reabilitação musculoesquelética, Reabilitação cardiopulmonar e Saúde do idoso.

O programa de reabilitação elabora o plano de tratamento respeitando a individualidade do paciente, a sua patologia e, consequentemente, os problemas resultantes desta condição levando em consideração as condições de saúde de cada um.

Segundo a Fisioterapeuta e coordenadora da Clínica de Fisioterapia do Hospital Bom Pastor, Fernanda Dallazen, o espaço possui um papel importante para a melhoria da qualidade de vida, da prevenção e da reabilitação de pacientes.